При сборке pdf в каталоге проекта появляется ряд служебных файлов, содержимое которых меняется от билда к билду. Их даже нет смысла засылать в репозиторий.
Можно удалять их перед коммитом.
find -regex '.*\.\(tex~\|sty~\|sh~\|bib~\|backup\|dvi\|ps\)' -print -delete
Можно сказать Kile, что после закрытия надо удалять все «временные файлы». Но закрывать Kile каждый раз перед тем, как сделать коммит — как-то странно.
Можно добавить все такие файлы в .gitignore Но эти файлы так и лежат в каталоге проекта.
А можно компилировать проект, принудительно создавая всякие такие файлы в отдельном каталоге.
